Kultūros ministerijos kompetencija muziejų veiklos valdymo srityje:
- nustato nacionalinių ir respublikinių muziejų veiklos prioritetus, tvirtina jų įgyvendinimo veiksmų planus ir koordinuoja šių planų vykdymą;
- rengia muziejų veiklą reglamentuojančių teisės aktų projektus ir teikia juos Vyriausybei ar kultūros ministrui priimti;
- tvirtina muziejų, kurių vadovai yra valstybės biudžeto asignavimų valdytojai, kaip jie apibrėžti Lietuvos Respublikos biudžeto sandaros įstatyme, strateginius veiklos planus;
- koordinuoja Lietuvos muziejų veiklą, jų dalyvavimą tarpvalstybinėse muziejininkystės programose;
- tikrina muziejinių vertybių apsaugą ir apskaitą muziejuose;
- finansuoja Lietuvos kultūrai svarbias muziejų veiklos, restauravimo ir mokslinių tyrimų programas;
- viešo konkurso būdu skiria nacionalinio arba respublikinio muziejaus, kurio savininko teises ir pareigas įgyvendina, vadovą ir jį atleidžia;
- viešo konkurso būdu skiria nacionalinio arba respublikinio muziejaus, kurio savininko teises ir pareigas įgyvendina, direktoriaus pavaduotoją – vyriausiąjį fondų saugotoją ir jį atleidžia;
- rūpinasi muziejininkų ir restauratorių kvalifikacijos kėlimu;
- kultūros ministro įsakymu nustato pavaldžių muziejų teikiamų mokamų paslaugų sąrašą.