Ministerijos kancleris atlieka šias funkcijas:

• Koordinuoja ir kontroliuoja ministerijos struktūrinių padalinių veiklą, užtikrina, kad įgyvendinant ministrui pavestų valdymo sričių strateginį veiklos planą būtų optimaliai valdomi ir panaudojami finansiniai, materialiniai, intelektiniai ir informacijos ištekliai; ministro pavedimu koordinuoja ir kontroliuoja įstaigų prie ministerijos veiklą.
• Kontroliuoja ministerijos administracinę ūkinę veiklą.
• Organizuoja ir koordinuoja ministrui pavestų valdymo sričių strateginio veiklos plano rengimą ir jo įgyvendinimą.
• Dalyvauja organizuojant ir koordinuojant Ministro Pirmininko ir Vyriausybės pavedimų vykdymą, teisės aktų projektų rengimą ir derinimą, vadovaudamasis ministrui pavestų valdymo sričių strateginiu veiklos planu ir kitais planavimo dokumentais, užtikrina ministerijos rengiamų teisės aktų projektų ir kitų sprendimų suderinamumą.
• Organizuoja ministerijos nuostatų, ministerijos struktūrinių padalinių nuostatų, valstybės tarnautojų ir darbuotojų, dirbančių pagal darbo sutartis ir gaunančių darbo užmokestį iš valstybės biudžeto ir valstybės pinigų fondų, pareigybių sąrašo, pareigybių aprašymų ir ministro įsakymų projektų rengimą, ministro pavedimu tvirtina ministerijos struktūrinių padalinių nuostatus ir valstybės tarnautojų ir darbuotojų, dirbančių pagal darbo sutartis ir gaunančių darbo užmokestį iš valstybės biudžeto ir valstybės pinigų fondų, pareigybių aprašymus.
• Ministro pavedimu įstatymų nustatyta tvarka priima į pareigas ir atleidžia iš jų ministerijos valstybės tarnautojus, darbuotojus, dirbančius pagal darbo sutartis ir gaunančius darbo užmokestį iš valstybės biudžeto ir valstybės pinigų fondų, taip pat juos skatina, skiria jiems pašalpas, skiria tarnybines nuobaudas valstybės tarnautojams arba priima sprendimus dėl darbuotojų, dirbančių pagal darbo sutartis ir gaunančių darbo užmokestį iš valstybės biudžeto ir valstybės pinigų fondų, padaryto darbo pareigų pažeidimo.
• Atlieka kitas įstatymų, Vyriausybės nutarimų ir ministro pavestas funkcijas.